Une fois refroidi, le riz est placé sur une grande table, à température régulée, plutôt chaude. On ensemence le riz de spores de champignon Aspergillus oryzae. Le riz ainsi traité est placé sur des petits plateaux en bois de cèdre pour réguler le taux d'humidité et la température. Celle-ci peut monter jusqu'à 42 °C du fait de la saccharification (transformation de l'amidon en glucose). Il faut brasser le riz pour le refroidir sans excès et permettre le développement du champignon. Ainsi, la culture du champignon demande un soin d'une extrême délicatesse. Pendant 48 heures, les hommes de chais ne dorment pas. Après la fabrication du koji, on pratique le levurage.